Juni 2005

Ph.d.-kursus: Signal- og billedbehandling for biomedicinske forskere

Index

Formål og indhold

Formålet med kurset er en indføring i grundlæggende metoder og algoritmer til behandling af digitale signaler og billeder. Kurset henvender sig primært til ikke-matematikere og vil eksplicit blive rettet mod biologiske anvendelser, hvor deltagernes egne anvendelser er i centrum. Kurset sigter på at give et såvel teoretisk som praktisk kendskab til metoderne, der benyttes i moderne signal- og billedanalyse.

Meget overordnet vil kurset indeholde emnerne: Computersproget Matlab, signal- og billedanalyse, sampling og
aliasing, filtrering, Fouriertransformation og frekvensanalyse, samt statistiske metoder til signal og billedbehandling.

Der veksles mellem forelæsninger, løsning af opgaver og praktiske øvelser på computer. Signal- og billedbehandlingsprogrammer udarbejdes ved hjælp af Matlab, som er et højniveau og fortolket computersprog, der muliggør kraftfuld modeludvikling og programmering med en lille indsats.

Lærere er civ.ing. og cand.med. Jens Damgaard Andersen og cand.scient. og ph.d. Jon Sporring.

Kursusplan (Kursusplanen er foreløbig).

Tid Emner Materiale
Torsdag fmd.
Kursusintroduktion, Matlab for ikke-kendere SP: Kap. 1, 2 og Appendix. B
Torsdag eftm. Øvelser

Fredag fmd. Sampling og Fourier Transformation
SP: Kap. 4, 11 og 13
Fredag eftm. Øvelser
Mandag fmd. Filtrering og Foldning
SP: Kap. 5 og 6
Mandag eftm. Øvelser
Tirsdag fmd. Billedanalyse
Noter
Tirsdag eftm. Øvelser
Onsdag fmd. Stokastisk Signal- og Billedbehandling Noter
Onsdag eftm. Øvelser

Kursusmateriale

Som lærebog til benyttes "Signal Processing First" (SP) af J.H. McClellean, R.W. Shafer og M.A. Yoder. Pearson/Prentice-Hall International edition (ISBN 0-13-120265-0).

Følgende er tilgængelig på webben (klik på referencen):

Guide til DIKUs edb-systemer
Matlab-manual,

Yderligere information (tutorials, kompendier mv) kan findes gennem de links som står på billedgruppens hjemmeside under Vision Links. Her kan også findes links til diverse billeddatabaser mv.

Laboratorieøvelser

Kurset understøttes med praktiske øvelser på computer i form af nogle laboratorieopgaver, vi løser helt eller delvis.

Her er opgaver til nogle laboratorieøvelser (kun udvalgte dele af disse vil blive gennemført):

Praktiske oplysninger

 torsdag d. 16. juni til onsdag d. 22. juni.
Medarbejder frokoststuen, N213,
Datalogisk Institut Københavns Universitet (DIKU),
Universitetsparken 1,
2100 København N.
Gratis, men der er begrænset optag efter først til mølle princippet.
Send et elektronisk brev til sporring@diku.dk, med cpr-nummer, for- og efternavn, samt adresse.  Desuden vil det være gavnligt med en kort beskrivelse af din baggrund, og evt. en kort beskrivelse af hvilket problem på hvilke data, du kunne tænke dig at få belyst på kurset inden 1. juni 2005.

Det er nødvendig for at kunne deltage i øvelserne at have en konto til DIKUs UNIX/Linux system.  Denne fås ved at udfylde en registreringsblanket på første kursusdag.  Vi vil bruge maskiner bach-0, bach-1, bach-2, eller bach- som tilgås via f.eks.:

rxterm bach-0

fra en af diku's terminaler eller remote-login på:

ssh -Y tyr
Materialet fra SP's CD-ROM er lagt over pa DIKU's edb-system. Her er nogle matlab-filer, der kan bruges til øvelserne (bl.a. zcat.m, zvect.m, zcoords.m, zprint.m) og billedet "lighthouse.mat". Når man siddder på DIKU's maskiner, kan man hente materialet ved at gå til folderen (kataloget) /vol/ftp/diku/users/jda/ ved kommandoen "cd /vol/ftp/diku/users/jda/". Indholdet kan ses ved kommandoen "ls". Man kan se på og hente materialet både i og udenfor DIKU ved hjælp af en browser (f.eks. "netscape" eller "mozilla"), (skriv browserens navn i et vindue) og så give den URL-adressen ftp://ftp.diku.dk/diku/users/jda/spfirst/ (eller bare klik på adressen her) i adressefeltet øverst i browseren. Højreklik på navnet på den fil, du vil overføre til dit hjemkatalog og vælg "Save link target as..." og klik herefter på "Save"-knappen på det vidue,der kommer op.
Mange oplysninger om installation af nye programmer, afholdelse af billedforedrag mv. annonceres over E-mail, på mail-gruppen IMAGE og på billedgruppens hjemmeside.  Om begge kan du læse mere på: Billedgruppens arrangementside.

Sidst opdateret den 27/4-2005 (Jsp) webmaster@diku.dk